Table 1. Expected (Hs) and observed (Ho) heterezygosity, nucleotive diversity (Pi), and Fis results:
For DA and PM populations, the observed heterozygosity is lower than the rest of the populations, and the Fis values are higher.
| Population | Hs | Ho | Pi | Fis | ll | hl |
|---|---|---|---|---|---|---|
| AS | 0.055 | 0.057 | 0.057 | -0.003 | -0.055 | -0.018 |
| BA | 0.042 | 0.044 | 0.014 | 0.000 | 0.009 | 0.077 |
| BB | 0.058 | 0.058 | 0.061 | 0.004 | -0.023 | 0.022 |
| BC | 0.041 | 0.044 | 0.039 | -0.007 | -0.239 | -0.120 |
| CA | 0.048 | 0.048 | 0.018 | 0.001 | 0.013 | 0.044 |
| CR | 0.048 | 0.051 | 0.050 | -0.006 | -0.093 | -0.050 |
| DA | 0.051 | 0.038 | 0.052 | 0.019 | 0.207 | 0.283 |
| FC | 0.051 | 0.054 | 0.054 | -0.004 | -0.073 | -0.031 |
| FV | 0.057 | 0.059 | 0.061 | -0.001 | -0.059 | -0.018 |
| GB | 0.040 | 0.041 | 0.014 | 0.001 | 0.027 | 0.072 |
| KC | 0.053 | 0.053 | 0.055 | 0.002 | -0.032 | 0.020 |
| MC | 0.045 | 0.041 | 0.019 | 0.002 | 0.080 | 0.117 |
| ML | 0.057 | 0.055 | 0.060 | 0.007 | 0.019 | 0.073 |
| OF | 0.050 | 0.050 | 0.053 | 0.001 | -0.030 | 0.029 |
| PC | 0.060 | 0.058 | 0.063 | 0.006 | 0.001 | 0.042 |
| PM | 0.048 | 0.039 | 0.049 | 0.018 | 0.155 | 0.230 |
| PR | 0.057 | 0.059 | 0.060 | -0.005 | -0.066 | -0.020 |
| PT | 0.059 | 0.056 | 0.061 | 0.001 | 0.015 | 0.093 |
| SB | 0.053 | 0.053 | 0.055 | 0.001 | -0.024 | 0.025 |
| SC | 0.055 | 0.056 | 0.058 | -0.001 | -0.042 | 0.001 |
| SH | 0.047 | 0.045 | 0.049 | -0.002 | -0.076 | 0.046 |
| SL | 0.044 | 0.050 | 0.047 | -0.011 | -0.173 | -0.113 |
| TB | 0.051 | 0.051 | 0.053 | 0.002 | -0.024 | 0.027 |
| WC | 0.042 | 0.045 | 0.044 | -0.005 | -0.099 | -0.054 |
| WF | 0.053 | 0.053 | 0.055 | 0.000 | -0.037 | 0.010 |
| WH | 0.048 | 0.050 | 0.050 | -0.001 | -0.059 | -0.008 |
 
Table 2. Pairwise Nei Fst results:
DA and PM seems to be the more structured populations with higher Fst.
| Population | AS | BA | BB | BC | CA | CR | DA | FC | FV | GB | KC | MC | ML | OF | PC | PM | PR | PT | SB | SC | SH | SL | TB | WC | WF | WH |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AS | 0.000 | 0.067 | 0.054 | 0.064 | 0.140 | 0.104 | 0.222 | 0.091 | 0.046 | 0.050 | 0.148 | 0.045 | 0.156 | 0.040 | 0.055 | 0.172 | 0.037 | 0.055 | 0.052 | 0.046 | 0.101 | 0.076 | 0.038 | 0.057 | 0.044 | 0.101 |
| BA | 0.067 | 0.000 | 0.033 | 0.070 | 0.047 | 0.023 | 0.277 | 0.034 | 0.042 | 0.073 | 0.074 | 0.042 | 0.065 | 0.038 | 0.026 | 0.236 | 0.093 | 0.055 | 0.024 | 0.075 | 0.051 | 0.140 | 0.052 | 0.023 | 0.058 | 0.038 |
| BB | 0.054 | 0.033 | 0.000 | 0.069 | 0.106 | 0.070 | 0.237 | 0.048 | 0.011 | 0.050 | 0.110 | 0.036 | 0.119 | 0.022 | 0.009 | 0.196 | 0.076 | 0.035 | 0.007 | 0.041 | 0.049 | 0.105 | 0.052 | 0.021 | 0.048 | 0.061 |
| BC | 0.064 | 0.070 | 0.069 | 0.000 | 0.128 | 0.101 | 0.284 | 0.082 | 0.061 | 0.084 | 0.143 | 0.062 | 0.144 | 0.070 | 0.060 | 0.215 | 0.091 | 0.086 | 0.067 | 0.075 | 0.120 | 0.129 | 0.055 | 0.061 | 0.074 | 0.102 |
| CA | 0.140 | 0.047 | 0.106 | 0.128 | 0.000 | 0.055 | 0.341 | 0.064 | 0.099 | 0.100 | 0.086 | 0.099 | 0.086 | 0.102 | 0.088 | 0.282 | 0.150 | 0.118 | 0.074 | 0.131 | 0.093 | 0.200 | 0.106 | 0.075 | 0.080 | 0.052 |
| CR | 0.104 | 0.023 | 0.070 | 0.101 | 0.055 | 0.000 | 0.302 | 0.062 | 0.070 | 0.066 | 0.052 | 0.066 | 0.054 | 0.072 | 0.062 | 0.251 | 0.114 | 0.091 | 0.056 | 0.088 | 0.073 | 0.163 | 0.076 | 0.063 | 0.067 | 0.048 |
| DA | 0.222 | 0.277 | 0.237 | 0.284 | 0.341 | 0.302 | 0.000 | 0.295 | 0.180 | 0.178 | 0.347 | 0.292 | 0.362 | 0.223 | 0.245 | 0.113 | 0.216 | 0.255 | 0.237 | 0.190 | 0.338 | 0.317 | 0.229 | 0.267 | 0.241 | 0.307 |
| FC | 0.091 | 0.034 | 0.048 | 0.082 | 0.064 | 0.062 | 0.295 | 0.000 | 0.057 | 0.072 | 0.103 | 0.045 | 0.102 | 0.053 | 0.038 | 0.253 | 0.100 | 0.066 | 0.045 | 0.077 | 0.038 | 0.150 | 0.073 | 0.043 | 0.060 | 0.020 |
| FV | 0.046 | 0.042 | 0.011 | 0.061 | 0.099 | 0.070 | 0.180 | 0.057 | 0.000 | 0.051 | 0.120 | 0.043 | 0.118 | 0.025 | 0.020 | 0.135 | 0.062 | 0.028 | 0.018 | 0.024 | 0.055 | 0.089 | 0.052 | 0.025 | 0.044 | 0.064 |
| GB | 0.050 | 0.073 | 0.050 | 0.084 | 0.100 | 0.066 | 0.178 | 0.072 | 0.051 | 0.000 | 0.100 | 0.055 | 0.100 | 0.049 | 0.052 | 0.102 | 0.077 | 0.069 | 0.058 | 0.060 | 0.089 | 0.118 | 0.056 | 0.054 | 0.065 | 0.066 |
| KC | 0.148 | 0.074 | 0.110 | 0.143 | 0.086 | 0.052 | 0.347 | 0.103 | 0.120 | 0.100 | 0.000 | 0.126 | 0.035 | 0.118 | 0.110 | 0.311 | 0.172 | 0.137 | 0.104 | 0.151 | 0.131 | 0.209 | 0.142 | 0.114 | 0.112 | 0.108 |
| MC | 0.045 | 0.042 | 0.036 | 0.062 | 0.099 | 0.066 | 0.292 | 0.045 | 0.043 | 0.055 | 0.126 | 0.000 | 0.115 | 0.043 | 0.032 | 0.208 | 0.075 | 0.046 | 0.036 | 0.052 | 0.044 | 0.104 | 0.044 | 0.037 | 0.043 | 0.048 |
| ML | 0.156 | 0.065 | 0.119 | 0.144 | 0.086 | 0.054 | 0.362 | 0.102 | 0.118 | 0.100 | 0.035 | 0.115 | 0.000 | 0.114 | 0.110 | 0.313 | 0.169 | 0.131 | 0.095 | 0.148 | 0.121 | 0.207 | 0.132 | 0.100 | 0.111 | 0.102 |
| OF | 0.040 | 0.038 | 0.022 | 0.070 | 0.102 | 0.072 | 0.223 | 0.053 | 0.025 | 0.049 | 0.118 | 0.043 | 0.114 | 0.000 | 0.026 | 0.167 | 0.066 | 0.035 | 0.023 | 0.038 | 0.070 | 0.099 | 0.049 | 0.034 | 0.051 | 0.067 |
| PC | 0.055 | 0.026 | 0.009 | 0.060 | 0.088 | 0.062 | 0.245 | 0.038 | 0.020 | 0.052 | 0.110 | 0.032 | 0.110 | 0.026 | 0.000 | 0.200 | 0.081 | 0.027 | 0.009 | 0.042 | 0.042 | 0.109 | 0.048 | 0.021 | 0.044 | 0.055 |
| PM | 0.172 | 0.236 | 0.196 | 0.215 | 0.282 | 0.251 | 0.113 | 0.253 | 0.135 | 0.102 | 0.311 | 0.208 | 0.313 | 0.167 | 0.200 | 0.000 | 0.158 | 0.218 | 0.189 | 0.148 | 0.292 | 0.247 | 0.173 | 0.207 | 0.181 | 0.258 |
| PR | 0.037 | 0.093 | 0.076 | 0.091 | 0.150 | 0.114 | 0.216 | 0.100 | 0.062 | 0.077 | 0.172 | 0.075 | 0.169 | 0.066 | 0.081 | 0.158 | 0.000 | 0.080 | 0.077 | 0.060 | 0.118 | 0.118 | 0.062 | 0.080 | 0.067 | 0.106 |
| PT | 0.055 | 0.055 | 0.035 | 0.086 | 0.118 | 0.091 | 0.255 | 0.066 | 0.028 | 0.069 | 0.137 | 0.046 | 0.131 | 0.035 | 0.027 | 0.218 | 0.080 | 0.000 | 0.036 | 0.052 | 0.074 | 0.117 | 0.057 | 0.043 | 0.063 | 0.088 |
| SB | 0.052 | 0.024 | 0.007 | 0.067 | 0.074 | 0.056 | 0.237 | 0.045 | 0.018 | 0.058 | 0.104 | 0.036 | 0.095 | 0.023 | 0.009 | 0.189 | 0.077 | 0.036 | 0.000 | 0.045 | 0.043 | 0.102 | 0.053 | 0.027 | 0.048 | 0.055 |
| SC | 0.046 | 0.075 | 0.041 | 0.075 | 0.131 | 0.088 | 0.190 | 0.077 | 0.024 | 0.060 | 0.151 | 0.052 | 0.148 | 0.038 | 0.042 | 0.148 | 0.060 | 0.052 | 0.045 | 0.000 | 0.100 | 0.108 | 0.055 | 0.048 | 0.054 | 0.095 |
| SH | 0.101 | 0.051 | 0.049 | 0.120 | 0.093 | 0.073 | 0.338 | 0.038 | 0.055 | 0.089 | 0.131 | 0.044 | 0.121 | 0.070 | 0.042 | 0.292 | 0.118 | 0.074 | 0.043 | 0.100 | 0.000 | 0.160 | 0.079 | 0.046 | 0.065 | 0.047 |
| SL | 0.076 | 0.140 | 0.105 | 0.129 | 0.200 | 0.163 | 0.317 | 0.150 | 0.089 | 0.118 | 0.209 | 0.104 | 0.207 | 0.099 | 0.109 | 0.247 | 0.118 | 0.117 | 0.102 | 0.108 | 0.160 | 0.000 | 0.096 | 0.112 | 0.098 | 0.157 |
| TB | 0.038 | 0.052 | 0.052 | 0.055 | 0.106 | 0.076 | 0.229 | 0.073 | 0.052 | 0.056 | 0.142 | 0.044 | 0.132 | 0.049 | 0.048 | 0.173 | 0.062 | 0.057 | 0.053 | 0.055 | 0.079 | 0.096 | 0.000 | 0.054 | 0.052 | 0.083 |
| WC | 0.057 | 0.023 | 0.021 | 0.061 | 0.075 | 0.063 | 0.267 | 0.043 | 0.025 | 0.054 | 0.114 | 0.037 | 0.100 | 0.034 | 0.021 | 0.207 | 0.080 | 0.043 | 0.027 | 0.048 | 0.046 | 0.112 | 0.054 | 0.000 | 0.052 | 0.056 |
| WF | 0.044 | 0.058 | 0.048 | 0.074 | 0.080 | 0.067 | 0.241 | 0.060 | 0.044 | 0.065 | 0.112 | 0.043 | 0.111 | 0.051 | 0.044 | 0.181 | 0.067 | 0.063 | 0.048 | 0.054 | 0.065 | 0.098 | 0.052 | 0.052 | 0.000 | 0.063 |
| WH | 0.101 | 0.038 | 0.061 | 0.102 | 0.052 | 0.048 | 0.307 | 0.020 | 0.064 | 0.066 | 0.108 | 0.048 | 0.102 | 0.067 | 0.055 | 0.258 | 0.106 | 0.088 | 0.055 | 0.095 | 0.047 | 0.157 | 0.083 | 0.056 | 0.063 | 0.000 |
PCA with the full dataset:
-Eigenvalues
-1. PCA1 vs PCA2
-2. PCA2 vs PCA3
-3. PCA3 vs PCA4
-Eigenvalues
-1. PCA1 vs PCA2
-2. PCA2 vs PCA3