Phacelia hastata preliminary results

Tables

Table 1. Expected (Hs) and observed (Ho) heterezygosity, nucleotive diversity (Pi), and Fis results:

For DA and PM populations, the observed heterozygosity is lower than the rest of the populations, and the Fis values are higher.

Population	Hs	Ho	Pi	Fis	ll	hl
AS	0.055	0.057	0.057	-0.003	-0.055	-0.018
BA	0.042	0.044	0.014	0.000	0.009	0.077
BB	0.058	0.058	0.061	0.004	-0.023	0.022
BC	0.041	0.044	0.039	-0.007	-0.239	-0.120
CA	0.048	0.048	0.018	0.001	0.013	0.044
CR	0.048	0.051	0.050	-0.006	-0.093	-0.050
DA	0.051	0.038	0.052	0.019	0.207	0.283
FC	0.051	0.054	0.054	-0.004	-0.073	-0.031
FV	0.057	0.059	0.061	-0.001	-0.059	-0.018
GB	0.040	0.041	0.014	0.001	0.027	0.072
KC	0.053	0.053	0.055	0.002	-0.032	0.020
MC	0.045	0.041	0.019	0.002	0.080	0.117
ML	0.057	0.055	0.060	0.007	0.019	0.073
OF	0.050	0.050	0.053	0.001	-0.030	0.029
PC	0.060	0.058	0.063	0.006	0.001	0.042
PM	0.048	0.039	0.049	0.018	0.155	0.230
PR	0.057	0.059	0.060	-0.005	-0.066	-0.020
PT	0.059	0.056	0.061	0.001	0.015	0.093
SB	0.053	0.053	0.055	0.001	-0.024	0.025
SC	0.055	0.056	0.058	-0.001	-0.042	0.001
SH	0.047	0.045	0.049	-0.002	-0.076	0.046
SL	0.044	0.050	0.047	-0.011	-0.173	-0.113
TB	0.051	0.051	0.053	0.002	-0.024	0.027
WC	0.042	0.045	0.044	-0.005	-0.099	-0.054
WF	0.053	0.053	0.055	0.000	-0.037	0.010
WH	0.048	0.050	0.050	-0.001	-0.059	-0.008

&nbsp

Table 2. Pairwise Nei Fst results:

DA and PM seems to be the more structured populations with higher Fst.

Population	AS	BA	BB	BC	CA	CR	DA	FC	FV	GB	KC	MC	ML	OF	PC	PM	PR	PT	SB	SC	SH	SL	TB	WC	WF	WH
AS	0.000	0.067	0.054	0.064	0.140	0.104	0.222	0.091	0.046	0.050	0.148	0.045	0.156	0.040	0.055	0.172	0.037	0.055	0.052	0.046	0.101	0.076	0.038	0.057	0.044	0.101
BA	0.067	0.000	0.033	0.070	0.047	0.023	0.277	0.034	0.042	0.073	0.074	0.042	0.065	0.038	0.026	0.236	0.093	0.055	0.024	0.075	0.051	0.140	0.052	0.023	0.058	0.038
BB	0.054	0.033	0.000	0.069	0.106	0.070	0.237	0.048	0.011	0.050	0.110	0.036	0.119	0.022	0.009	0.196	0.076	0.035	0.007	0.041	0.049	0.105	0.052	0.021	0.048	0.061
BC	0.064	0.070	0.069	0.000	0.128	0.101	0.284	0.082	0.061	0.084	0.143	0.062	0.144	0.070	0.060	0.215	0.091	0.086	0.067	0.075	0.120	0.129	0.055	0.061	0.074	0.102
CA	0.140	0.047	0.106	0.128	0.000	0.055	0.341	0.064	0.099	0.100	0.086	0.099	0.086	0.102	0.088	0.282	0.150	0.118	0.074	0.131	0.093	0.200	0.106	0.075	0.080	0.052
CR	0.104	0.023	0.070	0.101	0.055	0.000	0.302	0.062	0.070	0.066	0.052	0.066	0.054	0.072	0.062	0.251	0.114	0.091	0.056	0.088	0.073	0.163	0.076	0.063	0.067	0.048
DA	0.222	0.277	0.237	0.284	0.341	0.302	0.000	0.295	0.180	0.178	0.347	0.292	0.362	0.223	0.245	0.113	0.216	0.255	0.237	0.190	0.338	0.317	0.229	0.267	0.241	0.307
FC	0.091	0.034	0.048	0.082	0.064	0.062	0.295	0.000	0.057	0.072	0.103	0.045	0.102	0.053	0.038	0.253	0.100	0.066	0.045	0.077	0.038	0.150	0.073	0.043	0.060	0.020
FV	0.046	0.042	0.011	0.061	0.099	0.070	0.180	0.057	0.000	0.051	0.120	0.043	0.118	0.025	0.020	0.135	0.062	0.028	0.018	0.024	0.055	0.089	0.052	0.025	0.044	0.064
GB	0.050	0.073	0.050	0.084	0.100	0.066	0.178	0.072	0.051	0.000	0.100	0.055	0.100	0.049	0.052	0.102	0.077	0.069	0.058	0.060	0.089	0.118	0.056	0.054	0.065	0.066
KC	0.148	0.074	0.110	0.143	0.086	0.052	0.347	0.103	0.120	0.100	0.000	0.126	0.035	0.118	0.110	0.311	0.172	0.137	0.104	0.151	0.131	0.209	0.142	0.114	0.112	0.108
MC	0.045	0.042	0.036	0.062	0.099	0.066	0.292	0.045	0.043	0.055	0.126	0.000	0.115	0.043	0.032	0.208	0.075	0.046	0.036	0.052	0.044	0.104	0.044	0.037	0.043	0.048
ML	0.156	0.065	0.119	0.144	0.086	0.054	0.362	0.102	0.118	0.100	0.035	0.115	0.000	0.114	0.110	0.313	0.169	0.131	0.095	0.148	0.121	0.207	0.132	0.100	0.111	0.102
OF	0.040	0.038	0.022	0.070	0.102	0.072	0.223	0.053	0.025	0.049	0.118	0.043	0.114	0.000	0.026	0.167	0.066	0.035	0.023	0.038	0.070	0.099	0.049	0.034	0.051	0.067
PC	0.055	0.026	0.009	0.060	0.088	0.062	0.245	0.038	0.020	0.052	0.110	0.032	0.110	0.026	0.000	0.200	0.081	0.027	0.009	0.042	0.042	0.109	0.048	0.021	0.044	0.055
PM	0.172	0.236	0.196	0.215	0.282	0.251	0.113	0.253	0.135	0.102	0.311	0.208	0.313	0.167	0.200	0.000	0.158	0.218	0.189	0.148	0.292	0.247	0.173	0.207	0.181	0.258
PR	0.037	0.093	0.076	0.091	0.150	0.114	0.216	0.100	0.062	0.077	0.172	0.075	0.169	0.066	0.081	0.158	0.000	0.080	0.077	0.060	0.118	0.118	0.062	0.080	0.067	0.106
PT	0.055	0.055	0.035	0.086	0.118	0.091	0.255	0.066	0.028	0.069	0.137	0.046	0.131	0.035	0.027	0.218	0.080	0.000	0.036	0.052	0.074	0.117	0.057	0.043	0.063	0.088
SB	0.052	0.024	0.007	0.067	0.074	0.056	0.237	0.045	0.018	0.058	0.104	0.036	0.095	0.023	0.009	0.189	0.077	0.036	0.000	0.045	0.043	0.102	0.053	0.027	0.048	0.055
SC	0.046	0.075	0.041	0.075	0.131	0.088	0.190	0.077	0.024	0.060	0.151	0.052	0.148	0.038	0.042	0.148	0.060	0.052	0.045	0.000	0.100	0.108	0.055	0.048	0.054	0.095
SH	0.101	0.051	0.049	0.120	0.093	0.073	0.338	0.038	0.055	0.089	0.131	0.044	0.121	0.070	0.042	0.292	0.118	0.074	0.043	0.100	0.000	0.160	0.079	0.046	0.065	0.047
SL	0.076	0.140	0.105	0.129	0.200	0.163	0.317	0.150	0.089	0.118	0.209	0.104	0.207	0.099	0.109	0.247	0.118	0.117	0.102	0.108	0.160	0.000	0.096	0.112	0.098	0.157
TB	0.038	0.052	0.052	0.055	0.106	0.076	0.229	0.073	0.052	0.056	0.142	0.044	0.132	0.049	0.048	0.173	0.062	0.057	0.053	0.055	0.079	0.096	0.000	0.054	0.052	0.083
WC	0.057	0.023	0.021	0.061	0.075	0.063	0.267	0.043	0.025	0.054	0.114	0.037	0.100	0.034	0.021	0.207	0.080	0.043	0.027	0.048	0.046	0.112	0.054	0.000	0.052	0.056
WF	0.044	0.058	0.048	0.074	0.080	0.067	0.241	0.060	0.044	0.065	0.112	0.043	0.111	0.051	0.044	0.181	0.067	0.063	0.048	0.054	0.065	0.098	0.052	0.052	0.000	0.063
WH	0.101	0.038	0.061	0.102	0.052	0.048	0.307	0.020	0.064	0.066	0.108	0.048	0.102	0.067	0.055	0.258	0.106	0.088	0.055	0.095	0.047	0.157	0.083	0.056	0.063	0.000

Figures

PCA with the full dataset:

-Eigenvalues

-1. PCA1 vs PCA2
-2. PCA2 vs PCA3
-3. PCA3 vs PCA4

PCA without DA and PM:

-Eigenvalues

-1. PCA1 vs PCA2
-2. PCA2 vs PCA3

PCA without DA, PM, KC, and ML:

-Eigenvalues

-1. PCA1 vs PCA2
-2. PCA2 vs PCA3

Admixture results: K = 4

Pairwise genetic distances